COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 16.586369 16.586369 16.613144
2021-01-21 17:00:00 14.763003 14.763003 17.243509
2021-01-20 17:00:00 14.712068 14.712068 17.745184
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 18.444108
2021-01-18 17:00:00 18.053680 18.053680 19.302090
2021-01-17 17:00:00 18.835488 18.835488 20.211058
2021-01-16 17:00:00 19.196140 19.196140 21.186747

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 6.028436 6.028436 9.827844
2021-01-21 17:00:00 3.239114 12.135089 10.426561
2021-01-20 17:00:00 4.390935 16.465034 11.218593
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 11.849130
2021-01-18 17:00:00 1.353745 6.584615 12.555374
2021-01-17 17:00:00 17.723881 17.723881 13.600625
2021-01-16 17:00:00 11.936663 11.936663 14.391047

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 15.178571 15.178571 18.811130
2021-01-21 17:00:00 21.771218 21.771218 19.461096
2021-01-20 17:00:00 15.200000 15.200000 19.304866
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 18.915693
2021-01-18 17:00:00 21.212121 19.790105 19.565207
2021-01-17 17:00:00 18.421053 18.421053 19.867186
2021-01-16 17:00:00 28.712871 28.712871 20.744634

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 13.435560 13.435560 13.642022
2021-01-21 17:00:00 10.960068 10.960068 13.716070
2021-01-20 17:00:00 12.848933 12.848933 13.506629
2021-01-19 17:00:00 8.925234 13.364486 13.332810
2021-01-18 17:00:00 16.699282 16.699282 13.424854
2021-01-17 17:00:00 17.790167 17.790167 13.473111
2021-01-16 17:00:00 10.966543 10.966543 13.495754

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 24.064404 24.064404 13.192121
2021-01-21 17:00:00 10.189534 10.189534 13.179525
2021-01-20 17:00:00 10.223912 10.223912 12.983660
2021-01-19 17:00:00 12.445039 20.990250 12.936446
2021-01-18 17:00:00 15.616798 23.173666 12.968029
2021-01-17 17:00:00 8.621126 8.621126 12.896191
2021-01-16 17:00:00 9.821274 9.821274 13.078438

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 32.942040 29.790999 28.653519
2021-01-21 17:00:00 28.833552 28.833552 29.089689
2021-01-20 17:00:00 23.705959 23.705959 29.193149
2021-01-19 17:00:00 26.969223 22.735268 29.991867
2021-01-18 17:00:00 44.483025 25.500387 30.962406
2021-01-17 17:00:00 31.526986 31.526986 31.723575
2021-01-16 17:00:00 36.807388 36.807388 32.623263

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 9.385382 9.385382 12.737989
2021-01-21 17:00:00 10.233645 10.233645 13.934342
2021-01-20 17:00:00 9.986625 9.986625 15.045505
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 16.287689
2021-01-18 17:00:00 17.465753 17.465753 17.539041
2021-01-17 17:00:00 18.527430 18.527430 19.121185
2021-01-16 17:00:00 27.069073 27.069073 21.215947

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 6.955621 6.955621 9.155853
2021-01-21 17:00:00 7.986026 7.986026 9.874684
2021-01-20 17:00:00 7.855040 7.855040 10.588273
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 11.359649
2021-01-18 17:00:00 12.214596 17.950693 12.184045
2021-01-17 17:00:00 13.104902 13.104902 13.299668
2021-01-16 17:00:00 8.486694 8.486694 14.463027

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 11.558346 11.558346 11.403748
2021-01-21 17:00:00 9.211524 9.211524 11.915589
2021-01-20 17:00:00 11.150235 11.150235 12.656830
2021-01-19 17:00:00 7.316314 7.316314 13.173156
2021-01-18 17:00:00 23.974476 23.974476 13.807177
2021-01-17 17:00:00 14.700193 14.700193 14.787621
2021-01-16 17:00:00 13.999128 13.999128 16.139617

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 22.700023 22.700023 21.615247
2021-01-21 17:00:00 23.312115 23.312115 21.951166
2021-01-20 17:00:00 20.745328 20.745328 22.103907
2021-01-19 17:00:00 20.217391 22.700023 22.179233
2021-01-18 17:00:00 22.825878 13.727414 22.460820
2021-01-17 17:00:00 22.251527 22.251527 23.152948
2021-01-16 17:00:00 24.673373 24.673373 23.765011

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 9.898075 9.898075 10.362370
2021-01-21 17:00:00 11.091393 11.091393 10.500891
2021-01-20 17:00:00 8.552092 8.552092 10.593060
2021-01-19 17:00:00 14.469972 8.656860 10.833277
2021-01-18 17:00:00 10.797799 10.872799 10.883955
2021-01-17 17:00:00 10.610080 10.610080 11.276544
2021-01-16 17:00:00 11.150491 11.150491 11.677482

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 9.421488 9.421488 8.251389
2021-01-21 17:00:00 6.601942 6.601942 8.685862
2021-01-20 17:00:00 6.345476 6.345476 9.008104
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 9.153043
2021-01-18 17:00:00 11.036789 11.036789 9.325814
2021-01-17 17:00:00 11.494253 11.494253 9.652920
2021-01-16 17:00:00 10.598111 10.598111 9.725880

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 98.076923 98.076923 73.560880
2021-01-21 17:00:00 70.049505 70.049505 70.957290
2021-01-20 17:00:00 71.707317 71.707317 68.159616
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 65.393366
2021-01-18 17:00:00 40.243902 40.243902 62.979194
2021-01-17 17:00:00 37.884379 37.884379 60.991594
2021-01-16 17:00:00 81.178396 81.178396 58.638905

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 48.118280 48.118280 52.723877
2021-01-21 17:00:00 42.268041 42.268041 53.886036
2021-01-20 17:00:00 85.802469 85.802469 54.693621
2021-01-19 17:00:00 22.448980 44.135802 54.640548
2021-01-18 17:00:00 28.717949 28.717949 54.723796
2021-01-17 17:00:00 45.608108 45.608108 53.477203
2021-01-16 17:00:00 68.131868 68.131868 52.366904

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 21.937984 21.937984 17.401816
2021-01-21 17:00:00 15.575113 15.575113 17.913889
2021-01-20 17:00:00 15.760728 15.760728 18.538138
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 19.185364
2021-01-18 17:00:00 18.354430 18.354430 19.820844
2021-01-17 17:00:00 22.540984 36.566485 20.639245
2021-01-16 17:00:00 15.348837 15.348837 21.320076

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 27.190171 27.190171 25.954755
2021-01-21 17:00:00 35.056365 35.056365 26.441031
2021-01-20 17:00:00 27.995169 27.995169 26.376695
2021-01-19 17:00:00 16.585366 16.585366 26.519918
2021-01-18 17:00:00 19.572608 27.425373 26.453907
2021-01-17 17:00:00 66.229030 23.282051 27.102610
2021-01-16 17:00:00 28.794872 28.794872 27.650165

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 7.272727 7.272727 8.145952
2021-01-21 17:00:00 5.970898 5.970898 8.410666
2021-01-20 17:00:00 6.670784 6.670784 8.575603
2021-01-19 17:00:00 4.885701 10.443747 8.810266
2021-01-18 17:00:00 10.044313 17.134417 9.073163
2021-01-17 17:00:00 6.934432 6.934432 9.407285
2021-01-16 17:00:00 11.878631 7.601679 9.694356

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 22.238634 22.238634 24.770453
2021-01-21 17:00:00 21.068859 21.068859 25.261968
2021-01-20 17:00:00 24.229578 24.229578 25.851130
2021-01-19 17:00:00 27.336332 27.336332 26.364090
2021-01-18 17:00:00 25.437898 20.906265 26.669397
2021-01-17 17:00:00 26.384305 26.384305 27.030110
2021-01-16 17:00:00 31.465378 31.465378 27.392368

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 7.575490 7.575490 8.967491
2021-01-21 17:00:00 9.011107 7.685417 9.190515
2021-01-20 17:00:00 8.234201 8.234201 9.511585
2021-01-19 17:00:00 5.736729 10.211854 9.737709
2021-01-18 17:00:00 13.013957 13.013957 10.115048
2021-01-17 17:00:00 8.414508 8.414508 10.403516
2021-01-16 17:00:00 8.697387 8.697387 10.811384

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 26.637555 26.637555 19.909299
2021-01-21 17:00:00 21.882173 21.882173 19.670289
2021-01-20 17:00:00 21.776730 21.776730 19.804068
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 19.502515
2021-01-18 17:00:00 43.119266 8.274648 18.771415
2021-01-17 17:00:00 15.470172 15.470172 18.986279
2021-01-16 17:00:00 21.384206 21.384206 19.103145

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 23.170732 23.170732 24.836208
2021-01-21 17:00:00 27.419355 27.419355 24.506261
2021-01-20 17:00:00 13.861386 18.316832 24.325155
2021-01-19 17:00:00 36.170213 19.148936 23.870171
2021-01-18 17:00:00 15.942029 26.811594 24.091133
2021-01-17 17:00:00 34.615385 34.615385 24.380720
2021-01-16 17:00:00 46.511628 46.511628 24.090706

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-22 17:00:00 38.238110 38.238110 39.767028
2021-01-21 17:00:00 31.207218 31.207218 40.772794
2021-01-20 17:00:00 37.729039 37.729039 41.780198
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 42.932719
2021-01-18 17:00:00 54.714912 54.714912 44.228926
2021-01-17 17:00:00 57.715008 57.715008 45.526682
2021-01-16 17:00:00 59.944065 59.944065 47.823164

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.028436 6.028436 9.827844
Basilicata 15.178571 15.178571 18.811130
Calabria 13.435560 13.435560 13.642022
Campania 24.064404 24.064404 13.192121
Emilia-Romagna 32.942040 29.790999 28.653519
Friuli Venezia Giulia 9.385382 9.385382 12.737989
Lazio 6.955621 6.955621 9.155853
Liguria 11.558346 11.558346 11.403748
Lombardia 22.700023 22.700023 21.615247
Marche 9.898075 9.898075 10.362370
Molise 9.421488 9.421488 8.251389
P.A. Bolzano 98.076923 98.076923 73.560880
P.A. Trento 48.118280 48.118280 52.723877
Piemonte 21.937984 21.937984 17.401816
Puglia 27.190171 27.190171 25.954755
Sardegna 7.272727 7.272727 8.145952
Sicilia 22.238634 22.238634 24.770453
Toscana 7.575490 7.575490 8.967491
Umbria 26.637555 26.637555 19.909299
Valle d'Aosta 23.170732 23.170732 24.836208
Veneto 38.238110 38.238110 39.767028

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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